Desde esta dirección se definen los objetivos, metas y el plan de acción anual para la estructuración y ejecución de los programas o proyectos de intervención territorial, a cargo de la Agencia en los territorios donde se implementa el Programa de Desarrollo con Enfoque Territorial (PDET).
Se proponen, para aprobación del Director General de la Agencia, los lineamientos, parámetros y criterios para la estructuración y ejecución de proyectos de intervención territorial, a cargo de la Agencia, atendiendo los ocho pilares de los PDET.
Asimismo, se seleccionan aliados y operadores nacionales y territoriales para apoyar el proceso de estructuración y ejecución de proyectos de intervención territorial, a cargo de la Agencia. También se lleva a cabo la articulación con entidades públicas y privadas modelos de operación para la estructuración y ejecución de los proyectos, a través de esquemas de asociación público-privada, concesiones, convenios marco de cofinanciación y contratos con operadores, entre otros.
La Dirección de Estructuración y Ejecución de Proyectos debe proponer, cuando corresponda, a las entidades públicas y privadas los lineamientos para la estructuración y ejecución de los proyectos de reconciliación y desarrollo social, infraestructura y hábitat, desarrollo económico, y de ordenamiento territorial y desarrollo sostenible, identificados en los PDET, y debe incorporar la perspectiva diferencial étnica, cultural, de género, y generacional en la estructuración y ejecución de los proyectos cuando así se requiera.
La Dirección de Estructuración de Proyectos está compuesta por cuatro subdirecciones:
Subdirección de Reconciliación y Desarrollo Social.
Subdirección de Infraestructura y Hábitat.
Subdirección de Desarrollo Económico.
Subdirección de Ordenamiento y Desarrollo Sostenible.