Dirección de Programación y Gestión para la Implementación
Desde esta dirección se definen los objetivos metas y modelos para la puesta en marcha de los Programas de Desarrollo con Enfoque Territorial. Es la dependencia encargada de direccionar la implementación de la Hoja de Ruta Integral de articulación interinstitucional en las subregiones priorizadas y definir los criterios para la programación ordenada, progresiva e integral de los diferentes componentes de los PDET.
Dirección de Estructuración y Ejecución de Proyectos
Desde esta dirección se definen los objetivos, metas y el plan de acción anual para la estructuración y ejecución de los programas o proyectos de intervención territorial, a cargo de la Agencia en los territorios donde se implementa el Programa de Desarrollo con Enfoque Territorial (PDET).
Dirección de Información y Prospectiva
Dirige y orienta los procesos de recopilación, consolidación y calidad de la información para la implementación de los programas a cargo de la Agencia de Renovación del Territorio, la cual estará administrada en el Sistema Único de Gestión e Información.
Dirección de Sustitución de Cultivos de Uso Ilícito
Desde esta dirección se gestiona la implementación del Programa Nacional Integral de Sustitución de Cultivos de Uso Ilícito (PNIS), una estrategia a través de la cual el Gobierno Nacional se propone: “generar condiciones materiales e inmateriales de bienestar y buen vivir para las poblaciones afectadas por cultivos de uso ilícito, en particular para las comunidades campesinas en situación de pobreza que en la actualidad derivan su subsistencia de esos cultivos, y de esa manera encontrar también una solución sostenible y definitiva al problema de los cultivos de uso ilícito y a todos los problemas asociados a ellos en el territorio”.